Основное научное направление факультета:
- Теоретические и прикладные исследования в сфере обращения лекарственных средств.

Кафедрами факультета осуществляется работа по следующим научным направлениям.

Кафедра фармацевтической химии и фармацевтической технологии:
- Исследование биофармацевтических аспектов в технологии получения лекарственных средств, их дизайн и изучение фармацевтических факторов, влияющих на биодоступность.
- Проектирование и разработка технологий получения фармацевтических субстанций и лекарственных форм с различной фармакологической активностью. Исследование и получение иммобилизованных форм лекарственных препаратов различных групп. Стандартизация и валидация процессов и методик.
- Метаболомный анализ, выделение основных групп БАВ, а также разработка методов стандартизации и оценки качества растительного сырья и препаратов на его основе.
- Эколого-фармакогностические региональные исследования по изучению вопросов безопасности и рационального использования ресурсов лекарственного растительного сырья с учетом влияния различных факторов на накопление биологически активных веществ в сырье.

Кафедра управления и экономики фармации:
- Изучение особенностей организации лекарственного обеспечения населения в условиях ОМС и рынка. Научное обоснование направлений совершенствования социально-экономических механизмов лекарственного обеспечения населения в условиях страховой медицины.
- Фундаментальные и прикладные исследования менеджмента в фармации.
- Оптимизация управления трудовыми ресурсами фармацевтической отрасли: кадровое обеспечение, рациональное использование, прогнозирование, адаптация, ротация, подготовка и переподготовка, повышение квалификации, аккредитация и аттестация фармацевтических кадров.
- Маркетинговые исследования рынка лекарственных препаратов, парфюмерно-косметических средств, БАД, фармацевтических субстанций, медицинских изделий и иных товаров аптечного ассортимента.
- Исследование проблем правового регулирования в системе охраны здоровья граждан.

Кафедра фармакологии и клинической фармакологии:
- Доклинические исследования лекарственных веществ, в т.ч. изучение регенераторных, гастропротекторных, мембранопротекторных, гипогликемических, противовоспалительных, адаптогенных свойств.