В 1994 году было создано межвузовское отделение «Фармация» при Воронежском государственном университете и Воронежской государственной медицинской академии им. Н.Н. Бурденко. После формирования межвузовского фармацевтического факультета с 1995 по 1999 года профессиональные дисциплины, такие как фармакогнозия, аптечная технология лекарств, медицинское и фармацевтическое товароведение, организация и экономика фармации, преподавались на кафедре Фармакологии ВГМА им. Н.Н. Бурденко.
В 1999 году приказом ректора ВГМА им. Н.Н. Бурденко Фаустовым А.С. была сформирована кафедра Фармацевтического дела. За кафедрой были закреплены следующие дисциплины: фармакогнозия, аптечная фармацевтическая технология, организация и экономика фармации, медицинское и товароведческое товароведение, история медицины и фармации. Заведующим кафедрой Фармацевтического дела стал кандидат фармацевтических наук, доцент Сидоренко Александр Федорович.
В 2001 году приказом ректора ГОУ ВПО «ВГУ» был сформирован самостоятельный фармацевтический факультет и выделено три кафедры, в том числе кафедра управления и экономики фармации и фармакогнозии. В период с 2001 по 2008 гг. кафедрой заведовала кандидат фармацевтических наук, доцент Афанасьева Татьяна Гавриловна. С 2008 года по настоящее время кафедрой руководит доктор фармацевтических наук, профессор Чупандина Елена Евгеньевна.