В настоящее время фармацевтический факультет имеет в своей структуре три кафедры: фармацевтической химии и фармацевтической технологии (ФХиФТ), управления и экономики фармации (УЭФ), фармакологии и клинической фармакологии (ФиКФ).

Также в учебном процессе участвуют 25 кафедр ВГУ. Химические и биологические дисциплины преподаются на фундаментальных кафедрах химического и биолого-почвенного факультетов, имеющих мощную учебную и научную базу.